Uygulamalarda kanıta dayalı tıp ve klinik bilgiler kullanılmaktadır. Manuel terapi, vücudun herhangi bir bölgesine uygulanabilir. Genel hedef, bozulmuş biyomekaniğe bağlı olarak gelişen ağrının ortadan kaldırılması, normal hareketin tekrar ortaya çıkarılmasıdır. Hastaların detaylı bir değerlendirilmesinden sonra, uygulanan güçler; kaslar, tendonlar, bağlar, eklem, eklem kapsülü ve omurganın kıkırdak ve kemik yapısına uygun olarak kişiye özel biçimde planlanır.

Hasarın saptandığı bölgeye yönelik olarak eklem mobilizasyonları, eklem manipülasyonları, yumuşak doku gevşetme teknikleri, spesifik germe teknikleri ve kas enerji teknikleri gibi pek çok manipulatif uygulama yöntemi kullanılmaktadır.

Tüm kas-iskelet sistemi kaynaklı ağrılar, bel-boyun ağrıları, kol ve bacaklarda ağrı, eklem hareket ağrısı ve eklem hareketlerinde tutukluk, gibi durumlarda uygulanır.